Aby prawidłowo przeprowadzić defragmentację, w celu szybszego wczytywania plików, należy zadbać o minimum 15% wolnego miejsca na dysku. Pewne pliki są tzw. nieprzenośne. Wśród nich jest tzw. plik wymiany - pagefile, tablica MFT lub plik, w którym przechowywane są dane podczas hibernacji - hiberfil.
Jeśli pokazane są pofragmentowane pliki nieprzenośne, należy użyć narzędzia pagedefrag firmy sysinternals (narzędzie darmowe) - ono w miarę możliwości zdefragmentuje te pliki.